کلیسای چوپان که در پنج کیلومتری غرب شهر جلفا و در ساحل رود ارس قرار دارد، از جاذبه های گردشگری جلفا به شمار می‌‌رود. مردم محلی از این کلیسا با نام ناخیرچی یاد می‌کنند. با قدمتی که به قرن ۱۶ میلادی بازمی‌گردد، طبق برخی روایات، این کلیسا محل عبادت چوپانان ارمنی ساکن در روستاهای پیرامون دره شام بوده و در سال ۱۸۳۶ میلادی بازسازی شده است. پلان کلیسا از خارج به‌صورت مربع و فضای داخلی آن به شکل صلیب است. گنبدی روی بنا قرار دارد که چهار نورگیر در چهار طرف آن دیده می‌شود. در محوطه کلیسا سنگ صلیب‌های وجود داشتند که برای محافظت بیشتر به تبریز منتقل شدند. این اثر در مه ۲۰۰۸ میلادی، در فهرست میراث جهانی یونسکو و در اسفند ۱۳۸۱ در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسید.