مسجد جامع یزد به شیوه یک ایوان در دل کویر می‌باشد و در طی حدود ۱۰۰ سال و سه دوره بنا شده‌است. پایه‌های اصلی مسجد در زمان ساسانیان بر روی یک آتشکده گذاشته است ولی بعد از اسلام در دوره ایلخانی و تیموری بصورت مسجد تکمیل شده است. بنای گنبد خانه متعلق به دوره ایلخانی و سر در رفیع مسجد را متعلق به زمان شاهرخ و دوره تیموری دانسته‌اند. این بنا از لحاظ خوابیدگی گنبد، سردر رفیع و بلند و همچنین کاشیکاری زیبا و منحصربه‌فرد، شهرت دارد.ساخت و تکمیل مسجد جامع یزد در طول یک قرن و در دوران‌های مختلف تاریخی انجام شده است که از مهم‌ترین آن‌ها می‌توان به سلطنت ایلخانی، صفویان، حکومت تیموریان، فرمانروایی آل مظفر و قاجاریان اشاره کرد. در واقع هر قسمت از این بنای تاریخی به مرور زمان و توسط بانیان متعددی ساخت و مرمت شده است.

پایه اصلی مسجد جامع یزد در عصر ساسانی، روی یک آتشکده‌ بنا شد و بنای امروزی، از دوره قاجار به‌جای مانده است. در واقع در زمان سلطنت فتحعلی شاه قاجار، عملیات تخریب در سطح گسترده‌ای برای بازسازی و مرمت این بنای تاریخی صورت گرفت که باعث ایجاد ظاهری کاملا متفاوت از مسجد اولیه به‌صورت بنای امروزی آن شد.